Un variant moins virulent que son prédécesseur, beaucoup plus contagieux et qui se répand à une vitesse fulgurante, notamment auprès des enfants. Depuis sa mise au jour en novembre en Afrique du Sud, la souche Omicron dévoile ses spécificités et ses différences avec Delta. Avec lui, le virus apparaîtrait d’abord dans la bouche et la gorge, avant de se loger dans le nez.

Certains experts appellent alors à privilégier les prélèvements salivaires pour détecter plus précocement cette souche, aujourd’hui majoritaire dans l’Hexagone. Faut-il revoir notre stratégie de dépistage et se détourner des prélèvements dans le nez ? C’est la question que pose une étude prépubliée sur la plateforme scientifique Medrxiv et relayée par le New York Times. Mais est-ce possible et souhaitable ?

Un délai d’incubation plus court que Delta

Omicron ou Delta : pour le gouvernement, la stratégie est la même, il faut se faire « tester en priorité en cas de signes de la maladie ou si l’on est identifié comme personne contact ». Une course contre la montre régulièrement taxée d’être perdue d’avance. Cette stratégie « a toujours été inadaptée : on cherche le SARS-CoV-2 chez les personnes symptomatiques, et dans un second temps chez leurs cas contact. Le dépistage n’a donc jamais tenu compte de la dynamique du virus, et n’a donc pas permis de casser les chaînes de contamination », a résumé pour 20 Minutes l’épidémiologiste et biostatisticienne Catherine Hill.

Un retard creusé un peu plus par la déferlante Omicron, qui a la particularité d’avoir une période d’incubation « plus rapide » que Delta et qui « se multiplie plus vite dans l’organisme », indiquait le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal, le 5 janvier. Le délai « avant l’apparition des symptômes est passé de cinq à trois jours », a ajouté le Pr Yazdan Yazdanpanah, membre du Conseil scientifique, sur BFMTV.

Le virus d’abord présent dans la bouche, un point à l’étude par le gouvernement

Et s’il se multiplie plus rapidement, Omicron ne se manifesterait pas non plus de la même manière dans l’organisme. Quand son fils a été testé positif à Omicron, dont il présentait déjà des symptômes, Laure a aussitôt passé un test antigénique, qui s’est révélé négatif. « Ce n’est que deux jours plus tard, en faisant un autotest, que le résultat était positif », explique la jeune femme. Fin décembre, l’Agence américaine des médicaments relevait que les tests rapides, en présence du variant Omicron, indiquent plus souvent un résultat négatif malgré une infection. Le résultat du premier test de Laure aurait-il été positif avec un prélèvement salivaire ? Avec Omicron, « le virus serait moins présent dans le nez, et peut-être que vous allez présenter des symptômes ou être cas contact, mais avoir un résultat négatif », a indiqué le Dr Jimmy Mohamed ce mardi sur France 5.

Selon les auteurs de l’étude citée plus haut, qui ont étudié les tests de patients covidés en Afrique du Sud, berceau d’Omicron, la fiabilité des différents prélèvements ne serait pas la même selon le variant recherché. Si avec Delta, le prélèvement nasal est fiable à 100 %, cela chute à 71 % par voie salivaire. Inversement, quand il s’agit d’Omicron, la fiabilité du test salivaire est de 100 %, contre 86 % avec un prélèvement nasopharyngé. « L’approche traditionnelle du diagnostic des infections respiratoires a toujours été de privilégier le prélèvement nasal », a expliqué au New York Times le Dr Donald Milton, expert en virus respiratoires à l’Université du Maryland. Or, avec Omicron, qui « apparaît d’abord dans la bouche et la gorge, cela signifie que l’approche (…) pour les tests est problématique ».

La salive, un prélèvement simple, mais compliqué

Mais la salive n’a pas que des atouts. « Le prélèvement salivaire n’est pas le plus sensible, il fait des faux négatifs. Ce que vous avez bu ou mangé peut modifier le pH de la bouche et altérer le résultat. Il est beaucoup plus aléatoire, donc prudence, insiste Gilles Bonnefond, porte-parole de l’Union des syndicats de pharmaciens d’officine (USPO). Et il ne faut pas oublier que si Omicron domine, il y a encore du Delta en France. Pour cette souche, c’est le prélèvement nasopharyngé qui est indiqué, et s’il n’est pas dépisté alors qu’il est plus dangereux, ce n’est pas bon ». A ce jour, les tests salivaires ne sont indiqués qu'« en seconde intention chez les personnes contact pour qui un prélèvement nasopharyngé n’est pas envisageable », indique la Haute autorité de santé (HAS).

En outre, « les autotests salivaires n’existent pas, ajoute le pharmacien. Ils ne peuvent être pratiqués qu’en laboratoire ou dans le cadre de larges opérations de dépistage, parfois organisées dans les écoles avec les ARS. Les prélèvements sont analysés en laboratoire et il faut attendre plusieurs heures pour le résultat. Sur le plan de l’efficacité logistique, les tests antigéniques, qui donnent un résultat en quelques minutes, l’emportent ».

Plus pratique pour (convaincre de) tester les enfants

Mais cette étude pourrait changer la donne et trouver un écho important auprès des parents. Alors qu’Omicron cause un nombre exponentiel de contaminations chez les enfants, obligeant le gouvernement à revoir sans cesse les protocoles sanitaires dans les écoles, les témoignages de parents frileux à l’idée de tester eux-mêmes leur progéniture fleurissent sur les réseaux sociaux. Certains n’hésitent pas à rédiger de fausses attestations sur l’honneur. « Classe de mon fils, 15 jours, 1 cas positif, 4 cas contact, je fais semblant de le tester, je lui ordonne de dire qu’il s’est fait tester, attestation sur l’honneur, et vaya con dios. (…) Au culot maintenant, pas de pitié », confie un parent sur Twitter.

Une situation qui exaspère enseignants et syndicats. « On ne change pas un protocole pour faire plaisir aux parents mais pour protéger les enfants et les adultes présents dans l’école. On veut des tests salivaires distribués dans les écoles comme en Allemagne et en Autriche ! », s’est emporté Rodrigo Arenas, représentant de la Fédération des conseils de parents d'élèves (FCPE).

« On est en train d’instruire ce dossier »

« Beaucoup de parents plébiscitent les tests salivaires, confirme le Dr Sylvie Hubinois, pédiatre et présidente de l’Association française de pédiatrie ambulatoire (AFPA). Il y a des enfants avec qui le dépistage serait beaucoup plus facile. Si les données de cette étude sont confirmées, cela ferait des tests salivaires un outil précieux ».

S’il ne s’agit que de données préliminaires, elles sont d’ores et déjà scrutées par les autorités sanitaires françaises. « On est en train d’instruire ce dossier, de générer des données pour comparer l’efficacité des deux méthodes », a indiqué le ministère de la Santé au JDD.